Le conseil scientifique est l’instance de réflexion et d’orientations de l’Ecole en matière de formation et de recherche. Il donne son avis sur les projets et les programmes pédagogiques et scientifiques.
Le conseil se réunit au moins une fois par an sur convocation du directeur général. Il est animé par un coordinateur, désigné par ses membres pour un mandat de trois années.

Il est constitué conformément au décret 2.16.544 du 5 août 2016 des membres suivants :
  • Le directeur général de l’Ecole
  • Trois enseignants chercheurs
  • Trois personnalités scientifiques reconnues pour leurs compétences et leurs expériences dans l'un des domaines de formation de l'école ;
  • Le directeur chargé des Programmes de formation et des Stages
  • Le directeur chargé de la Recherche, des Etudes, de la Formation continue, et des Rapports de coopération et de partenariat ;
  • L’Inspecteur général de l’Administration territoriale
  • L’Inspecteur général des Finances ou son représentant ;
  • Un représentant de la Cour des comptes ;
  • Un représentant du cadre des Conseillers des Affaires étrangères ;
  • Un représentant du corps des Conseillers Juridiques des administrations auprès du secrétariat général du gouvernement.